美國紐約大學文化與傳播學系教授 Verhulst 歸納多方模式的機會與限制，提及許多組織試圖利用多方模式，解決既有治理模式正當性不足的問題。然而，為了盡可能容納所有利害關係人直接參與決策，可能導致決策效率低落。他也強調，多方模式是一連串的決策擬定步驟，眾人基於利害關係不同，投入每個步驟的程度也不盡相同；這會直接影響多方過程的產出結果，因此參與人的選擇（代表性）格外關鍵。而上述限制也是目前各組織推動多方模式時，尚未足夠反省之處（Verhulst, 2016）。
Strickling et al.（2017）歸納多方利害關係人作法的挑戰和限制，從正當性、共識決以及代表性等三個層面說明：
多方模式最常被詬病的問題之一是成效不彰，而此問題往往源於「權力不均」（asymmetries of power）（Faysse, 2006）或「不平衡」（imbalances） （Boström and Tamm Hallström, 2013）。業界與公家機關的資源往往較民間團體充裕，而後者礙於資源受限，常難以持續參與多方利害關係人流程。更甚者，為了滿足「多元參與」的正當性，多方模式常變得過於疊床架屋，討論流程僵化、規則繁瑣且不知變通。參與多方利害關係人討論流程因此耗時冗長，而缺乏資源的團體或個人也容易因此放棄參與。
承續「不平衡」的問題，EEF也曾批判ICANN雖以「政府力量介入最少」聞名，但社群組成卻業界獨大，尤其律師組成的智財權團體，以比例而言只佔ICANN多方利害關係人社群的一小部分，卻常具壓倒性聲量。因此，ICANN雖為多方利害關係人治理模式，但業界獨大的狀況，亦顯示其不符合「平衡」的基本原則（Malcolm, 2017）。
另外，如何維護多方模式的程序正義，進而確保產出結果的正當性，也是多方模式實作上常面臨的難題。如EEF就抨擊隸屬於聯合國的IGF，每年負責決定討論議題的MAG成員由上指派，且過程毫不透明。MAG成員多由政府官員、業界代表組成，會議討論過程也從未公開（但會公布會議摘要及mailing list），明顯違反當責原則。IGF常為人詬病的另一點，是所有討論發自IGF，也止於IGF。換言之，IGF的討論無法回流各界，產生實質影響力，這也導致大眾與會意願日漸低落，多方模式名存實亡（Malcolm, ibid.）。
綜合以上看法，推動多方利害關係人治理模式時可能會遇到的限制或挑戰，可歸納如下：